哥斯拉突然从东海海底现身，席卷东海村并摧毁市内建筑和发电厂，无人能阻止其破坏。自卫队全力反击，却难以阻挡其前进。与此同时，危机管理情报局在茨城县海沟发现直径200米的古代陨石，内含有机物质与哥斯拉相遇后，自我进化成为巨大怪兽奥加。哥斯拉与奥加在西新宿展开生死对决，引发了一场毁灭性的城市战斗。